برخـی از چالش‌ های صنعـت لبنیـات کشـور ناشـی از نواقـص زنجیـره ارزش ایـن صنعـت و مشکلات سـاختاری درون صنعـت اسـت. سـایر مشکلات ناشـی از سیاسـت‌گذاری‌ های سـطح بخشـی و کلان کشـور در حـوزه نـرخ ارز و قیمت‌ گذاری دستوری است کـه بـر کلیـه صنایـع کشـور از جملـه صنعـت لبنیـات اثرگـذار هسـتند.
لازم بـه توضیـح اسـت همراسـتا بـا چالش‌ هـای موجـود در صنعـت لبنیات، بـروز عوامـل پیش‌بینـی نشـده نظیـر تحریم‌ هـای بین‌ المللـی و اثـرات آن در تامیـن مـواد اولیه مورد نیاز صنعت و همچنین نوسـانات نرخ ارز موجب کاهـش تـوان رقابتـی ایـن صنعـت و آسیب‌ پذیری آن شده است. در ادامـه مهم تریـن عواملـی که به عنوان چالش‌ های صنعـت لبنیـات مطرح هستند، مـورد بررسـی قـرار گرفته است.