دخالت در بازار در اقتصاد ایران توسط نهادهای مختلفی صورت می‌گیرد که مهمترین آنها ستاد تنظیم بازار، شورای رقابت، وزارتخانه‌های مختلف تولیدی مانند وزارت صنعت، معدن و تجارت و وزارت جهادکشاورزی است، اما شاید مهمترین نهاد مداخله در اقتصاد ایران که در بازار کالاها دارای دخالت بسیار گسترده است ستاد تنظیم بازار است. از سوی دیگر برخی از نهادها نیز همانند سازمان حمایت مصرف‌کنندگان و تولیدکنندگان علاوه بر عضویت در ستاد تنظیم بازار و اثرگذاری بر تصمیمات این نهاد، خود نیز دارای دخالت‌های گسترده در بازار است.
آنچه در روند تکاملی ساختار نهادی کارگروه تنظیم بازار قابل‌مشاهده است این موضوع است که نهاد تنظیم بازار اگرچه به لحاظ جایگاه می‌بایست در سطح فرادستگاهی قرار گیرد تا ضمانت اجرای مصوبات آن هم وجود داشته باشد، با این حال طی این سال‌ها تغییرات زیادی به لحاظ جایگاه خود داشته است.
در کنار ایرادات وارده بر ساختار نهادی تنظیم بازار، پس از ادغام وزارتخانه های صنایع و معادن و بازرگانی در سال 1390 و با تصویب قانون «تمرکز وظایف و اختیارات مربوط به بخش کشاورزی در وزارت جهاد کشاورزی» در سال 1391، با این هدف که موارد مرتبط با تجارت کالاهای کشاورزی، در اختیار وزارت جهاد کشاورزی به‌عنوان متولی تولید محصولات کشاورزی قرار گیرد و امکان یکپارچگی تولید و تجارت بخش کشاورزی فراهم شود، باعث تفکیک وظایف تنظیم بازاری بین وزارت صنعت، معدن و تجارت به‌عنوان متولی توزیع و وزارت جهاد کشاورزی به‌عنوان متولی تأمین شد. این تقسیم وظایف باعث شده به دلیل مشخص نبودن حوزه اقدام و عدم هماهنگی بین دو وزارتخانه برخی ناهماهنگی‌ها ایجاد شود. این موضوع باعث خلأ در شفافیت اطلاعات سيستم در سطوح مختلف زنجيره ارزش محصولات تحت تنظيم به سبب تعدد مراجع دخيل در امر تنظيم بازار شده است. در كنار واقعیات برشمرده ساير اشكالات مقابل تنظيم بازار را مي‌توان به شرح موارد زير برشمرد:
- تفکیک وظایف سیاست‌گذار و مجری در سیاست‌های تنظیم بازار.
- خلأ تفكر راهبردي در حوزه مديريت بازار؛
- عدم ارائه اطلاعات شفاف برای تصمیم‌گیری از سوی نهادهای بخشی به یکدیگر؛
- تمركز سياست‌هاي تنظيم بازاري بر حلقه «مصرف‌كننده نهايي» در كل زنجيره ارزش كالاي تحت تنظيم؛
- ضعف نقش‌آفريني تشكل‌هاي حرفه‌اي در ايفاي وظايف مختلف مديريتي و توانمندسازي واحدهاي زيرمجموعه.
- نبود ساختار نهادی فرا بخشی برای کارگروه تنظیم بازار و تنزل جایگاه تنظیم بازار به سطح بخشی
- عدم تعادل میان تولید و تجارت (واردات و صادرات)
- ضرورت تدوین الگوی مناسب برای مداخله در بازار بر اساس زنجیره ارزش محصول و صنعت
- محدودیت در رصد و پایش در نظام توزیع
- عدم برخورداری از نقشه راه تنظیم‌گری در ایام خاص
- تداخلات در سیاست‌گذاری بخشی و غیر بخشی در بازرگانی خارجی و تولید
- ضرورت روزآمدسازی شیوه‌های مداخله و نظارت در بازرگانی داخلی
- محدودیت‌های هماهنگی میان دستگاه‌های متولی در حوزه بازرگانی
- محدودیت‌های هماهنگی دستگاه‌های متولی و بهره‌گیری محدود از ظرفیت تشکل‌ها